Supreme Commander 2 — это компьютерная игра в жанре стратегии в реальном времени. Действие игры происходит 25 лет спустя завершения событий первой части. История начинается с убийства только что избранного Президента, которое приводит к разрыву мирных отношений внутри коалиции.
В процессе игры вам придется строить здания для создания материи и энергии, а также экспериментальные исследовательские установки, которые приносят участникам так называемые «очки исследований» (research points). Полученные баллы могут быть потрачены на покупку новых возможностей и улучшений, а также открытие более сложных юнитов и зданий. Финальным аккордом является приобретение экспериментальных юнитов, намного более мощных по сравнению с остальными.
Во второй части Supreme Commander появился новый вид ресурсов — научные исследования, а также был полностью переработан механизм использования полезных ископаемых. Научные исследования разрабатываются в лабораториях, а количество данного ресурса определяется количеством действующих лабораторий. Полученные очки могут быть потрачены на разработку новой технологии, что сильно изменяет игровой процесс по сравнению с первой версией. Если одна из сторон получает технологическое преимущество, например, приобретает мощное оружие или переманивающее войско противника на свою сторону, то в сражении наступает дисбаланс сил.
Основными ресурсами в Supreme Commander 2 являются, как и в первой части, материя и энергия. Однако способ их применения был усовершенствован. В первой части игры функционировала такая же система, как и в большинстве RTS: ресурсы могут быть потрачены только после того, как они накоплены в необходимом объеме. Здания не могут быть построены, если для их создания не хватает полезных ископаемых какого-либо типа. Все ресурсы, необходимые для постройки, расходуются в момент начала стройки. В новой версии запасы расходуются постепенно, то есть если каких-либо ресурсов недостаточно, то здание не будет завершено, а стройка будет приостановлена до тех пор, пока игрок не обзаведется нужными количеством полезных ископаемых.